TCGA、ICGC、GTEx 数据库都是啥？
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">本文<span style="color: black;">转载</span>公众号医学数据库百科</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><a style="color: black;">TCGA、ICGC、GTEx 数据库都是啥？</a></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;">咱们</span>在进行数据库介绍，尤其是肿瘤<span style="color: black;">关联</span>数据库的时候，经常会<span style="color: black;">说到</span>说这个<span style="color: black;">运用</span>了 TCGA/GTEx 数据库的数据，<span style="color: black;">那样</span>这两个数据库到底是什么呢？<span style="color: black;">为何</span>会有用这两个数据库呢？<span style="color: black;">另一</span>呢，<span style="color: black;">因为</span><span style="color: black;">近期</span>ICGC提的<span style="color: black;">亦</span>比较多，<span style="color: black;">因此</span><span style="color: black;">这儿</span><span style="color: black;">亦</span>就做一下简单的介绍。<span style="color: black;">必须</span><span style="color: black;">知道</span>的是，这几个数据库属于原始数据储存数据库。<span style="color: black;">咱们</span>在<span style="color: black;">这儿</span>得到的都是相对原始的数据库，<span style="color: black;">必须</span>具备<span style="color: black;">必定</span>的数据分析能力。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">TCGA</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">TCGA, 全<span style="color: black;">叫作</span>为The Cancer Genome Atlas（癌症基因组图谱）。<span style="color: black;">经过</span>其名<span style="color: black;">叫作</span><span style="color: black;">咱们</span>就<span style="color: black;">晓得</span>这个数据库<span style="color: black;">重点</span>做的<span style="color: black;">便是</span>肿瘤<span style="color: black;">关联</span>的数据库。<span style="color: black;">为何</span>经常看到别人用这个数据库呢？还是<span style="color: black;">由于</span>这个数据库收集的信息全呀。</p>
<div style="color: black; text-align: left; margin-bottom: 10px;"><img src="https://pic3.zhimg.com/80/v2-f4fd874ff9bccf56ac2ccdfc5bbba906_720w.webp" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;"></div>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;">首要</span>，<span style="color: black;">针对</span><span style="color: black;">科研</span>病种而言，这个数据库<span style="color: black;">包含</span>了33个种肿瘤的数据。<span style="color: black;">详细</span><span style="color: black;">包含</span>的癌种<span style="color: black;">能够</span>看后面的链接。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">其次，数据库检测的数据类型多。<span style="color: black;">针对</span>同一个癌种，<span style="color: black;">咱们</span><span style="color: black;">能够</span><span style="color: black;">得到</span>这个癌种的: 表达数据、miRNA表达数据、甲基化数据、突变数据和拷贝数数据。<span style="color: black;">倘若</span><span style="color: black;">咱们</span><span style="color: black;">运用</span>GEO数据库检索某一个癌种，<span style="color: black;">一样</span><span style="color: black;">亦</span><span style="color: black;">能够</span>得到这些<span style="color: black;">关联</span>的数据。<span style="color: black;">然则</span>TCGA数据库<span style="color: black;">宝贵</span>的<span style="color: black;">地区</span>是，这个数据都是出自同一个人的。<span style="color: black;">这般</span>的话，<span style="color: black;">咱们</span>就<span style="color: black;">能够</span><span style="color: black;">科研</span>不同组学之间的交叉反应了。<span style="color: black;">例如</span>突变<span style="color: black;">针对</span>表达的影响、甲基化和表达的关系等等。。。</p>
<div style="color: black; text-align: left; margin-bottom: 10px;"><img src="https://pic1.zhimg.com/80/v2-3b9660a61bc8f46a60a1866b12447bec_720w.webp" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;"></div>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;">另一</span>，TCGA除了<span style="color: black;">包含</span>了不同测序的数据，<span style="color: black;">同期</span><span style="color: black;">针对</span>每一个纳入的<span style="color: black;">病人</span>还<span style="color: black;">包含</span>了其临床的信息。更难能可贵的是，临床信息<span style="color: black;">其中</span>还<span style="color: black;">包含</span>了预后随访的信息。这个<span style="color: black;">咱们</span>就<span style="color: black;">能够</span>来分析以上的测序数据集和临床信息之间的关系了，<span style="color: black;">例如</span>分析基因表达和预后的关系等等。。。</p>
<div style="color: black; text-align: left; margin-bottom: 10px;"><img src="https://pic1.zhimg.com/80/v2-dd36da88ef6da14fcbcb8532ecf463a8_720w.webp" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;"></div>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">PS: 其实GEO有的数据集<span style="color: black;">亦</span>有临床信息以及预后信息，<span style="color: black;">然则</span>这个得<span style="color: black;">必须</span><span style="color: black;">咱们</span>慢慢的去寻找了。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">ICGC</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">ICGC (<a style="color: black;"><span style="color: black;">https://</span><span style="color: black;">dcc.icgc.org/</span></a>), 全<span style="color: black;">叫作</span>International Cancer Genome Consortium（国际癌症基因组联盟）。这个数据库和TCGA的关系，<span style="color: black;">便是</span>ICGC数据库<span style="color: black;">包含</span>了TCGA的数据。<span style="color: black;">另一</span>呢，ICGC<span style="color: black;">亦</span>纳入了其他别的地区所做的队列的测序数据。<span style="color: black;">因此</span><span style="color: black;">倘若</span><span style="color: black;">运用</span>ICGC进行检索的话，<span style="color: black;">咱们</span><span style="color: black;">能够</span>得到<span style="color: black;">更加多</span>的数据。</p>
<div style="color: black; text-align: left; margin-bottom: 10px;"><img src="https://pic2.zhimg.com/80/v2-4afecb0790f978cf9d093272440a81b9_720w.webp" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;"></div>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">ICGC是一个储存原始数据的<span style="color: black;">地区</span>，<span style="color: black;">咱们</span>只<span style="color: black;">必须</span>检索相对应的<span style="color: black;">重要</span>词就<span style="color: black;">能够</span>得到<span style="color: black;">详细</span>的信息了。<span style="color: black;">咱们</span><span style="color: black;">能够</span>检索<span style="color: black;">疾患</span>、基因名<span style="color: black;">叫作</span><span style="color: black;">或</span>突变信息都<span style="color: black;">能够</span>。例如<span style="color: black;">咱们</span>检索 gastric cancer，<span style="color: black;">咱们</span>就<span style="color: black;">能够</span>得到这个联盟纳入的数据集。</p>
<div style="color: black; text-align: left; margin-bottom: 10px;"><img src="https://pic1.zhimg.com/80/v2-73019ee01f229caf52efed02a392c84c_720w.webp" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;"></div>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;">咱们</span>点击进去就<span style="color: black;">能够</span>看到<span style="color: black;">每一个</span>数据集<span style="color: black;">仔细</span>的信息。<span style="color: black;">根据</span>下图所示，<span style="color: black;">咱们</span>点开的这个就<span style="color: black;">仅有</span>突变的数据。</p>
<div style="color: black; text-align: left; margin-bottom: 10px;"><img src="https://pic2.zhimg.com/80/v2-309de1ecc69d9c851c0e354abd40bcbd_720w.webp" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;"></div>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">GTEx</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">GTEx，全<span style="color: black;">叫作</span>Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC<span style="color: black;">更加多</span>的还是肿瘤<span style="color: black;">关联</span>的数据，而GTEx收集的是正<span style="color: black;">一般人</span>身上的组织来进行的测序，<span style="color: black;">因此</span>GTEx数据库<span style="color: black;">包含</span>的就只是正<span style="color: black;">一般人</span>的数据。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">这个数据集的用处呢，一方面是<span style="color: black;">能够</span><span style="color: black;">科研</span>正<span style="color: black;">一般人</span>不同组织之间的基因表达的区别。<span style="color: black;">另一</span>的一个呢，<span style="color: black;">便是</span>和TCGA联合<span style="color: black;">运用</span>。<span style="color: black;">因为</span>TCGA重点收集的还是癌症组织的数据，<span style="color: black;">针对</span>其正常的数据收集的相对<span style="color: black;">来讲</span>较少，<span style="color: black;">因为</span>正常样本少<span style="color: black;">因此</span><span style="color: black;">针对</span>差异表达的结果可能就不是很准确。这个时候<span style="color: black;">倘若</span><span style="color: black;">咱们</span>把GTEx的数据纳入进来。<span style="color: black;">这般</span>分析的结果就会准确<span style="color: black;">有些</span>了。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">数据下载站点<span style="color: black;">举荐</span></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">以上<span style="color: black;">便是</span>三个数据库内容的基本介绍，<span style="color: black;">倘若</span>想<span style="color: black;">想要</span>在<span style="color: black;">关联</span>的数据的话，各个数据库都<span style="color: black;">供给</span>了自己的下载方式。<span style="color: black;">另一</span>，<span style="color: black;">非常多</span>别的<span style="color: black;">公司</span><span style="color: black;">亦</span>都<span style="color: black;">供给</span>了这个数据的下载链接，这个还是很<span style="color: black;">举荐</span><span style="color: black;">运用</span>UCSC XENA (<a style="color: black;"><span style="color: black;">https://</span><span style="color: black;">xenabrowser.net/hub/</span></a>)。<span style="color: black;">这儿</span>汇总和<span style="color: black;">日前</span>常用的<span style="color: black;">非常多</span>公共数据库的原始数据，<span style="color: black;">乃至</span><span style="color: black;">包含</span>今年刚<span style="color: black;">发布</span>的PCAWG的数据。</p>
<div style="color: black; text-align: left; margin-bottom: 10px;"><img src="https://pic1.zhimg.com/80/v2-3d5400f95c9262d4c2fecb7f939a76a4_720w.webp" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;"></div>
页:
[1]