文献解析 | 11 种肿瘤类型的癌症转变过程中的表观遗传调控-天涯论坛

b1gc8v 发表于 2024-5-21 08:34:56

文献解析 | 11 种肿瘤类型的癌症转变过程中的表观遗传调控

大众好，今天给大众诠释一篇题为Epigenetic regulation during cancer transi tions across 11 tumour types（11种肿瘤类型癌症转移过程中的表观遗传学调控）染色质可及性针对调节基因表达和细胞特性至关要紧，可及性的改变与驱动癌症的出现、进展和转移相关。
科研背景
染色质可及性在调节基因表达和细胞身份方面至关要紧，可及性的改变与驱动癌症的出现、发展和转移相关1、2、3、4.尽管已然科研了遗传对致癌转化的贡献，但表观遗传驱动原因仍然鲜为人知。在这儿，咱们运用来自 225 个样本的单核染色质可及性数据（运用转座酶可及染色质的单核测定）和来自 206 个样本的匹配单细胞或单核 RNA 测序表达数据构建了泛癌表观遗传和转录组图谱。
经过富集可触及的染色质区域、转录因子基序和调节子，分析了来自每一个平台的 100 多万个细胞，咱们确定了与癌症转变关联的表观遗传驱动原因。有些表观遗传驱动原因出此刻多种癌症中（例如，ABCC1 和 VEGFA 的调控区域;GATA6 和 FOX 家族基序），而其他基序是癌症特异性的（例如，FGF19、ASAP2 和 EN1 的调节区域以及 PBX3 基序）。
在表观遗传改变的通路中，TP53、缺氧和 TNF 信号传导与癌症出现相关，而雌激素反应、上皮-间充质转化和顶端连接与转移转化相关。另外，咱们揭示了加强子可及性和基因表达之间的显着关联性，并揭示了表观遗传和遗传驱动原因之间的合作。该图谱为进一步科研癌症转化中的表观遗传动力学奠定了基本。
图一
11种癌症类型的染色质可及性模式。
<img src="//q4.itc.cn/images01/20240315/c577763b3e564b5eb94946fe60389854.jpeg" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
图一
a，数据生成和科研设计的示意图，表示收集的癌症类型和样本类型，图谱的构建、注释和整合，以及所科研的生物实体。
b，整合泛癌 snATAC-seq 对象的均匀流形近似和投影（UMAP）图，表示了 250,222 个免疫细胞、69,684 个基质细胞、69,506 个正常上皮细胞和 588,895 个癌细胞在 225 个样本中的分布。扩展数据图中表示了 36 种不同细胞类型的仔细细分。1b 和 2a，b。
c，来自每一个肿瘤的癌细胞与肿瘤起源组织的正常细胞类型之间的皮尔逊关联系数。细胞类型按增多每一个队列的中位关联系数排序;最右边的细胞类型被认为是CNC，随后被用作识别癌症关联表观遗传驱动原因的参考。
d，经过比较癌细胞与CNCs鉴定的顶级癌细胞关联DACR。气泡体积表示拥有可拜访 DACR 的癌细胞的百分比，颜色暗示对数2.x 轴表示每一个 DACR 的近期基因。基因按癌症之间共享的基因和癌症类型特有的基因进行分组。按照特异性和每种癌症类型（列）的倍数变化（FC）或可否由最大癌症数量共享（共享）来选取癌症特异性 DACR。正日志2倘若 ACR 在 >5% 的癌细胞中可及，则表示 。与 EpiMap 数据库中的起步子和加强子重叠的基因的 DACR 以粗体明显表示。
图二
CREs调节癌症中的转录程序。
<img src="//q4.itc.cn/images01/20240315/834e7484cbf2464ea83f74fe5fa6899f.jpeg" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
图二
a，按照重叠 EpiMap 加强子区域（左）、重叠 EpiMap 起步子区域（中）和 RNA 转录本（右）的 ACR 的可及性计算的来自同一组织的癌细胞和正常细胞的样本 Pearson 关联性（snMultiome-seq 样本）。左侧热图采用单连杆聚类办法和欧几里得距离聚类，中心和右侧热图遵循相同的次序。
b，按癌症类型划分的 ACR 与基因链接的计数，并经过 ACR 的 EpiMap 注释着色。
c，UpSet 图表示大都数加强子与基因的连接是癌症类型特异性的。右下角的连接点暗示所暗示的癌症类型之间共享的 ACR 到基因链接。
d，与PDAC癌细胞中基因表达（下图）关联的ACR（上图）的可及性。热图表示了按癌细胞样本和正常胰腺细胞按细胞类型聚合的平均归一化和缩放的 snATAC-seq 和 snRNA-seq 值。运用Ward最小方差法（R的Ward.D2）和欧几里得距离对顶部热图进行聚类。底部的热图列和行遵循顶部热图的次序。Acinar，腺泡细胞;腺泡REG，再生蛋白高表达的腺泡细胞;ADM，腺泡导管化生;dELS，拥有加强子样特征的远端顺式调节区（CRE）;导管样-1，拥有高 SPP1 和 CRP 的导管细胞;导管样-2，拥有增多粘液基因和三叶因子基因的导管细胞;胰岛，朗格汉斯细胞的所有胰岛;pELS，拥有加强子样特征的近端 CRE;PLS，拥有类似发起人签名的 CRE。
图三
泛癌和癌症特异性调节子。
<img src="//q0.itc.cn/images01/20240315/24491e34f64b44fb8ff1db06b618d14e.jpeg" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
图三
a，运用 SCENIC 在 sc/snRNA-seq 数据上鉴定的组织和癌细胞特异性调控子（列），其中调控子是 TF 及其 n 个靶基因，基因数量表示在顶部。热图表示了来自每种癌症的 200 个肿瘤和 200 个随机选取的正常细胞（行）的曲线下面积（AUC）评分。与CNC相比，癌症特异性调节子在癌细胞中表示出更高的活性。几种癌症中共有的顶级癌细胞特异性调节子以粗体明显表示。
b，原发癌细胞和相应CNCs的调节子活性评分（上图;n = 2,211 （PDAC）、n = 744（导管样 2）、n = 5,000 （ccRCC）、n = 714（近端肾小管）、n = 446 （CRC）、n = 184（远端干细胞）、n = 3,600 （GBM）、n = 842 （OPC）、n = 389（星形胶质细胞）、n = 800 （SKCM）和 n = 20（黑色素细胞））和 TF 基序可及性评分（底部;n = 30,428 （PDAC）、n = 1,652（导管样 2）、n = 106,250 （ccRCC）、n = 11,471（近端肾小管）、n = 6,243 （CRC）、n = 860（远端干细胞）、n = 83,507 （GBM）、n = 933 （OPC）、n = 996（星形胶质细胞）、n = 7,844 （SKCM）和 n = 20（黑色素细胞））。方框按癌症类型着色，绿色方框表率正常细胞。FDR调节的Wilcoxon双侧P值如图所示（弥补表4c，e）。针对箱形图，中心线表示中位数，箱形极限表示第1和第三个四分位数，上下胡须从铰链延伸到最大值或最小值不超过 1.5×距铰链的四分位距（IQR）。
c，其中靶基因富集 TF 特异性 ACR 到基因链接的 TF（ACR 包括该 TF 结合位点）。颜色暗示日志2 观察到的拥有此类链接的靶基因数量超过预期数量（K1， ...， n）的随机基因。按照高斯 z 评分计算每一个调节子的单侧 P 值，z = （M − μ）/σ，其中 M 是观察到的与 TF 基序关联的靶基因数量。
d，在随机采样的基因中发掘的拥有 PPARG 特异性 PDAC ACR 与基因链接的基因数量的正态分布示例。观察到的拥有 PPARG 特异性 ACR 与基因链接的 PPARG 靶基因数量由红线暗示。
e，靶基因TSS周边存在ChIP-seq峰（ENCODE）、snATAC-seq峰或CUT&RUN峰。
图四
癌症转移中激活的表观遗传程序。
<img src="//q3.itc.cn/images01/20240315/00e6e3f98fc84f65bcfc7634cb17edac.jpeg" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
图四
a，在四种癌症类型中，转移和原发样本之间拥有不同基序可及性的TFs。y 轴表示运用双侧 Wilcoxon 秩和检验计算的 FDR 校正 P 值。表达式分数对应于日志的绝对值2转移细胞和原发癌细胞之间 TF 表达中的，运用每一个样本的平均值，并且必须与同一 TF-癌症对的基序评分差异相同的倍数变化方向。
b，PDAC小鼠模型中GATA6（红色）表达的mpIHC分析。CK19（绿色）标记癌细胞，DAPI（蓝色）标记细胞核。比例尺，100 μm（主图像）和 50 μm（插图）。
c、GATA6 和 GATA6+高与匹配的转移性（met.）相比，原发性 PDAC 的癌细胞百分比更高。PDAC的。n = 6。图中表示了运用双侧配对 t 检验计算的 P 值。针对箱形图，中心线表示中位数，箱形极限表示第1和第三个四分位数，上下胡须从铰链延伸到距铰链不超过 1.5 × IQR 的最大值或最小值。
d，转移性肿瘤与原发性肿瘤中上调的 DACR 的显着和提示性（FDR ≤ 20%）标志通路富集。气泡的体积和颜色传达了基因计数和对数10[罗斯福]。分析中运用的每种癌症类型的DACR总数以对数上限为5,0002[足球俱乐部]（顶部）。每一个通路中注释的 DACR 总数如右图所示。
e，f，结直肠癌病例（e）和UCEC病例（f）的成对原发性和转移性样本的UMAP图（左）。小热图表示了基于每一个样本中每一个簇平均的 TF 基序分数的 Pearson 关联系数。散点图表示了沿着 Slingshot 识别的轨迹排序的细胞（中），散点图表示了 PBX3 （e）或 SNAI1 （f）基序可及性与伪时间发展之间的相关（右）。
见图五
遗传驱动原因对染色质可及性的影响。
<img src="//q0.itc.cn/images01/20240315/14bf2ca928b54537a17f007f11413819.jpeg" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
图五
a，从snATAC-seq数据和WES数据中检测到五种癌症类型的TERTp突变（C228T和C250T）。图中表示了批量 WES 数据（上图）和 snATAC-seq 数据（下图）中支持参考或突变等位基因的读取计数。分别对癌细胞和正常细胞的 snATAC-seq 支持的读长进行计数，而后归一化为每组中的细胞总数。底部的热图表示了每一个样本在癌症和正常细胞中的TERT表达。
b，运用 snMultiome-seq 数据鉴定的已知癌基因的表观遗传调控。每一个点表示一个加强子到基因链接 z 分数。加强子到基因 z 分数是经过平均所有 ACR 落入一个加强子的 ACR 到基因链接 z 分数来计算的，如 EpiMap 或 GeneHancer 数据库中所述。点颜色对应于鉴定出 ACR 与基因链接的癌症类型，点体积对应于 x 轴上表示的基因的归一化 RNA 表达。
c， BRCA基底癌、CESC、HNSCC癌细胞和CRC癌细胞中EGFR区域的覆盖图。仅纳入中性EGFR CNV的样本。EGFR型RNA表达如右图所示。
d，Kaplan-Meier图和按PITX3调控子活性分层的TCGA-GBM队列（上图）和按KLF6调控子活性分层的TCGA-PDAC队列（下图）的没发展存活期分析。误差带暗示 95% 置信区间。暗示运用对数秩（Mantel-Cox）检验计算的双侧 P 值。高调节活性组和低调节活性组分别按照高于和小于中位数的值进行定义。为每一个病人亚组指定 n。
e，本科研的HPV阳性和HPV阴性HNSCC样本（上）和TCGA-HNSCC（下）中KLF4的调节活性。图中表示了运用双侧 Wilcoxon 秩和检验计算的 P 值。
科研结果
认识肿瘤染色质结构的景观、重要癌症转变时的染色质可及性变化以及染色质可及性、遗传改变和转录模式之间的相互功效针对推进癌症生物学和临床实践至关要紧。染色质可及性的某些变化表率了癌症出现和转移扩散的重要事件/驱动原因，可能是潜在的治疗靶点。尽管TF本身很难用传统疗法靶向，况且它们在正常组织中的多种功效导致了对脱靶效应的担忧，但咱们经过关注广泛的转录程序来强调潜在的靶向元素。最后，咱们预计该图谱将作为将来癌症科研的宝贵资源。<a style="color: black;">返回首页，查看更加多</a>

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流星的美 发表于 2024-9-8 18:13:58

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j8typz 发表于 2024-10-9 02:15:57

回顾过去一年，是艰难的一年；展望未来，是辉煌的一年。

b1gc8v 发表于 2024-10-11 17:32:25

认真阅读了楼主的帖子，非常有益。

4lqedz 发表于 3 天前

谢谢、感谢、感恩、辛苦了、有你真好等。

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