前言：应师姐们的邀请，把大四时做Meta-Analysis的有些工具汇总到这儿(亦有有些新的)。其实做分析的工具非常多，分析流程大同小异，最要紧的是要明白分析流程的原理和各个参数的道理。做预后分析的几个网oncoLnc: http://www.oncolnc.org/Tips：这个是按照某个gene高表达和低表达进行分组，做的预后分析，数据源自于TCGA。Step1:输入感兴趣的gene，submit。
Step2：选取癌症，点击Yes Please!(这儿必须对癌症的各个缩写熟悉一下啦)
Step3：选取高低表达的分界线（预后分析的重要参数）
可选填50/50，即中位数划分。亦有其他划分办法（如均值mean，或上30%，下30%等等），submit后等结果吧。
Step4:便是出图啦
2. Progene：http://genomics.jefferson.edu/proggene/
Progene包括了TCGA和GEO的数据。
这个网就必须一步填好所有的Input和参数了。
最上面的三个框框，有三种输入格式，可按照自己的状况选取。查看单个基因的选第1个输入。
第二个框框，选取癌症类型。
第三个框框，做预后就不消改。
第四个框框，看见那个MEDIAN了吗？便是高低表达的分界线，默认是MEDIAN(中位数)。
点一下，看到有四个选项哦，自己去看各个参数的含义吧，用MEDIAN比较多。
我用TP53和BREAST举个例子吧。
我在第1个框框输入TP53后，其他不动（默认BREAST和MEDIAN），点击NEXT。就跳出来下面这个界面。这儿必须选数据集（通常选all），仅有被选中的，才会画图哦。
点击SELECT/DESELECT ALL，看到YES前面的小框框打勾后，就能够点击CREATE PLOTS了。
最后结果：这儿只展示了第1个结果。
能够做表达分析+预后分析的网GEPIA2:http://gepia2.cancer-pku.cn/#index看到http://pku.cn
结尾，就晓得这个是北大研发的工具，不仅能够做表达分析，亦能够做预后分析（请自己去摸索流程，和前面几个网的流程是同样的，现在有非常多一体化流程的分析网，然则分析的思路都是差不多的，这点自学能力要有，况且网通常很友好的，不行还有百度不是么）。
分析流程总共有四个，Single Gene Analysis, Cancer Type Analysis, Custom Data Analysis以及Multiple Gene Analysis。
依旧是TP53举例子，做个Single Gene Analysis, 点击 GoPIA! 后，就能看到许多美丽的图了,能够看到TP53在各样癌症里的表达状况，有Dotplot和Barplot(仅展示了Barplot)，还有其他有些信息。
2. chrislifescience: http://www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2/一个先辈研发的网，还有公众号教程（公众号：Chris生命科学小站，原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/TeNDfTPHptnyU4Gah-ASLQ），就不搬运了。
尾声：至于我是怎么做的，当然是R/Bioconductor啦，由于出图风格一致（ggplot2）。后续再整理R代码版本的吧（先挖一个坑，不晓得什么时候填）。
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发表于 2024-6-22 07:05:23
